En la madrugada del 25 de enero José fue secuestrado, golpeado, esposado con las manos en la espalda y obligado a arrodillarse. En esa posición le dispararon, dos proyectiles entraron en su cabeza. Luego colocaron su cuerpo en el interior del auto que antes manejaba y lo incendiaron con él adentro. El lugar elegido por la banda comandada por uno de los hombres más poderosos de los `90 fue una cava en General Madariaga, hecha 15 días antes.
Su crimen puso de pie a todo el país y otras 70 naciones se solidarizaron para pedir justicia. Por primera vez en democracia se atentaba de tal manera contra un periodista y en consecuencia contra la libertad de información.
